Die Geschichte des noch sehr jungen Ortes beginnt mit dem zweiten Weltkrieg: mitten im Mühldorfer Hart, einem Waldgebiet betrieb die Kriegswirtschaft eine Pulverfabrik. Um 1946 siedelten hier in den verlassenen Gebäuden Heimatvertriebene, 1950 entstand aus dieser Siedlung die eigenständige Gemeinde »Waldkraiburg« in Anlehnung des gegenüber am Inn gelegenen Ortes Kraiburg. Heute ist das stark gewachsene Waldkraiburg ein moderner Ort, 1960 zur Stadt erhoben.