Das 1899 gegründete Stadtmuseum ist in der ehemaligen Kemenate (Frauentrakt) der Hauptburg untergebracht. Das Museum zeigt in 6 Schwerpunktthemen gegliedert seine Sammlungen.

Malerei und Plastik: Über die Jahrhnderte waren in dieser Haupt und Regierungsstadt zahlreiche Künstler ansässig oder zeitweise beschäftigt. Zahlreiche Portraits und religiöse Bilder des 18. Jh. stammen von dem italienischen Maler della Croce. Skulpturen des Barockbildhauers Lindt zählen zu den Glanzstücken der Sammlung.

Volkskunst und Handwerk: Burghauser Handwerkerfamilien wie Hafner, Zinngießer, Glockengießer, Lebzelter Schlosser des 18. und 19. Jh. sind Schwerpunkt dieser Sammlung.

Militaria: Im 18. und 19. Jh. waren französische, bayerische und österreichische Soldaten in der Burg untergebracht, die für die Stadt eine wesentliche wirtschaftliche Bedeutung erlangten. Ein Großteil der Sammlung stammt aus dieser Zeit. Glanzstück der Sammlung aber ist eine vollständig erhaltene Ritterrüstung aus dem 15. Jh.

Archäologie und Stadtgeschichte: regionale Funde aus der Hallsteinzeit, Bronzezeit und Antike, und Sammlungstücke aus dem Mittelmeerraum werden hier ausgestellt. Funde aus einer Abfallgrube des 13. Jh. zeigen Lebensgewohnheiten aus dem mittelalter.

Bürgerliches Leben: Möbel, Kleidung Kleinigkeiten aus dem bürgerlichen Leben des 19. Jh. sind Teil dieser Sammlung.

Vögel und Schmetterlinge: Die große Vogelsammlung zeigt z.T. mittlerweile einige fast Ausgestorbene oder selten gewordene Exemplare. Eine Sammlung von über 1700 Schmetterlingen bereichern den naturkundlichen Teil des Museums.