Die  Siedlungsgeschichte reicht mit Unterbrechungen bis in die Bronzezeit zurück: zuerst Höhlen Wohnungen, Wallanlagen, später kurze Zeit ein Römerlager, die Lage an der Donau mit Insel war schon lange eine strategisch günstiger Standort. Letztlich entstand hier im Mittelalter ein Bischhofssitz, wurde später Residenzstadt des Herzogtums Pfalz-Neuburg. In dieser Zeit entstanden das Stadtbild, welches Neuburg an der Donau zu einer der schönsten Renaissance-Städte Bayerns machen.
Im 19 Jahrhundert war Neuburg vorwiegend Garnisonsstadt, mit wenig Industrie. Neuburg stand die letzte Zeit nie so recht im Zentrum der Entwicklung in Bayern, insofern hat sich hier eine schöne Altstadt erhalten, wovon der Ort nun touristisch profitiert.